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A.素材ファイルや出力先ファイルのパスは、プロジェクトファイルからの相対パスで保存されます。 プロジェクトファイルを別のフォルダに移動させる場合は、素材ファイル、出力先ファイルも併せて移動させてください。
ちなみに、相対パスで保存している理由は、複数の作業者がそれぞれお好みのフォルダで作業することを想定しているためです。

A.ファイルの分割はできません。本製品が備えている機能は、ファイルの結合のみです。